Uniewinniony dopiero po 42 latach
Witolda Pileckiego zatrzymano 8 maja 1947 r., a od 6 do 22 maja 1947 r. uwięziono 23 osoby, z których tylko 7 zostało uznanych za niewinne i zwolniono. Od 9 maja Pilecki znajdował się w X Pawilonie więzienia mokotowskiego w całkowitej izolacji.
Proces Witolda Pileckiego i jego towarzyszy: Marii Szelągowskiej, Tadeusza Płużańskiego, Szymona Jamontta-Krzywickiego, Maksymiliana Kauckiego, Jerzego Nowakowskiego, Witolda Różyckiego i Makarego Sieradzkiego rozpoczął się 3 marca 1948 r. w siedzibie warszawskiego Rejonowego Sądu Wojewódzkiego przy ul. Nowowiejskiej.
Oskarżycielem „Witolda” był wiceprokurator Naczelnej Prokuratury Wojska Polskiego mjr Czesław Łapiński. Oskarżał go o posiadanie broni, którą Pilecki po upadku powstania – podobnie jak większość powstańców – ukrył w skrytce i nie używał. Kolejne oskarżenie dotyczyło przygotowywania zamachów zbrojnych na prominentów reżimu, ale częściowo je utajniono, gdyż opierało się na materiale pozostałym po nieudanej prowokacji. Ostatnim zarzutem było oskarżenie o posługiwanie się fałszywymi dokumentami wystawionymi na nazwisko Romana Jezierskiego. Podczas rozprawy prokurator nie dopuścił do przesłuchania świadków oskarżenia, przebywających w większości w więzieniach, oraz zrezygnował ze świadków obrony.